Crohnova bolest je kronična upalna bolest probavnog sustava koju karakterizira upala koja zahvaća čitavu stijenku probavnog trakta. Iako može zahvatiti bilo koji dio probavnog sustava od usta do anusa, najčešće je lokalizirana u terminalnom ileumu i debelom crijevu. Simptomi su kronični proljev, ponekad uz primjese sluzi i krvi, grčevita bol u trbuhu, povišena temperatura, gubitak apetita i smanjenje tjelesne težine. Uzrok nije poznat, ali se pretpostavlja da je u pitanju poremećaj imunološkog sustava. Nedovoljno ili neprikladno liječenje može dovesti do komplikacija kao što su fistule, apscesi, suženja i opstrukcije, te krvarenja iz debelog crijeva, zbog čega pacijenti često moraju biti i kirurški liječeni. Također može doći do sekundarnih upala brojnih drugih organa.
Ulcerozni kolitis je upalna bolest crijeva koja zahvaća isključivo debelo crijevo. Promjene su ograničene na površni sloj sluznice i najčešće su ograničene na lijevu stranu debelog crijeva (sigmu i rektum), međutim bilo koji dio debelog crijeva može biti zahvaćen, a promjene se s napredovanjem bolesti uglavnom prošire i zahvaćaju veće dijelove debelog crijeva. Upalne promjene karakterizirane su upalnim vrijedovima koji uzrokuju krvavo sluzave proljeve, povišenu tjelesnu temperaturu i bolne grčeve. Povećana je učestalosti pojave karcinoma debelog crijeva kod pacijenta koji boluju duže od 10 godina. U nekih pacijenata mogu se javiti i drugi autoimuni poremećaji i komplikacije izvan crijeva kao npr. iritis, uveitis, episkleritis, migratorni poliartritis, sakroilitis, nodozni eritem, zadebljanje vrhova prstiju, itd.
Pseudomembranozni kolitis je bolest kolona koja je najčešće, premda ne i uvijek, uzrokovana bakterijom Clostridium difficile. Bezopasne crijevne bakterije održavaju normalnu ravnotežu, ne dopuštajući patogenim bakterijama nastanjivanje crijeva, međutim, mnogi antibiotici koji se uzimaju oralno mogu poremetiti crijevnu floru. To omogućuje bakteriji Clostridium difficile da naseli probavni trakt te otpuštanjem dva toksina izazove jaku upalu debelog crijeva uz stvaranje promjena koje se nazivaju pseudomembrane. Bolest može biti blaga, ali i eskalirati u po život opasni toksički kolitis, čiji su simptomi proljev, s ili bez krvi, grčeviti bolovi u trbuhu te povišena tjelesna temperatura. U teškim oblicima bolesti nastaju dehidracija, toksični megakolon, šok, a najteži oblici bolesti završavaju smrtnim ishodom.
Kod upalnih crijevnih bolesti HBOT smanjuje bol, smanjuje upalnu reakciju stijenke crijeva, učestalost stolica, te prisustvo krvi i sluzi u njima, smanjuje edeme sluznice crijeva, pospješuje cijeljenje oštećene sluznice, uvodi Crohn-ovu bolest u duge remisije i mirniji tijek, a ulcerozni kolitis može dovesti i do izlječenja, smanjuje potrebu za kirurškim intervencijama ili ih odgađa, te poboljšava imunološki status pacijenta
